resignierte 1389;
Als am 3.Juli 1371 Probst Ulrich II.gestorben war, schritt man zur Wahl des Nachfolgers. Doch man konnte sich zunächst auf keinen Kandidaten einigen. Der Bischof schickte einen Kommissär, um die Wahl zu überwachen. Es dauerte zwei Jahre (!) bis endlich der neue Probst Ulrich III. feststand. Die Wahl kam damals mit den neuen Kleidern, Paramenten und Weihefeierlichkeiten auf 400-470 Gulden und belasteten die Finanzen des Klosters erheblich. ⁰⁶⁾

Im 14.und 15.Jh lag das Klosterleben in Deutschland darnieder. Die Mönche hatten zunehmend Privateigentum, während das Kloster immer mehr verarmte. Abhilfe brachte die Raudnitzer Klosterreform, die um die Zeit 1417/18 in Indersdorf Fuß fasste. Die Regeln breiteten sich von hier aus über viele bayerische Chorherrnstifte aus, sodass man von einer Indersdorfer Reformbewegung sprechen kann. Propst Prunner leitete persönlich diese Reformation von 24 Augustinerstiften (darunter Beuerberg, Polling, Beyharting, Rottenbuch und Schlehdorf bis nach Neustift in Südtirol). 31 Chorherren aus Indersdorf traten in andere Konvente über, um die Erneuerung in diesen Häusern zu gewährleisten. ⁷⁸⁾

Im Bayerischen Krieg (1420-1422) wurde das Stift durch den Ingolstädter Herzog Ludwig VII. schwer beschädigt. Nach dem Krieg entschied der Kaiser, Herzog Ludwig müsse dem Kloster als Entschädigung 5.000 Gulden bezahlen. Ob der Verurteilte dieses Urteil erfüllte, ist nicht bekannt. ²²⁾

Um die Zeit von 1432 wurde die Kirche nach gotischem Zeitgeschmack umgestaltet: die Seitenschiffe wurden verkürzt, die flache Holzdecke wurde durch eine Gewölbedecke aus Stein ersetzt. ⁴⁶⁾

Johann I. Rothuet
genannt Prunner

gest. 1771;
ein großzügiger, gelehrter und vor allem kunstsinniger Mensch. Er veranlasste die
(kostspielige) Rokokoausstattung der Kirche 1752-58; das Ergebnis entspricht heutigem Aussehen.

Text im o.a.Oberbayerischen Archiv: "Probst Gelasius zog ein sehr altes und ein neueres Grabdenkmal von scheierischen Pfalzgrafen aus Ruinen hervor, (wahrscheinlich das ältere identisch mit demjenigen, dessen schon Zimmermann in seinem geistlichen Kalender gedenkt), und stellte beide auf einen ehrwürdigen Platz in der Klosterkirche auf. Das ältere sollte dem Stifter des Klosters, Pfalzgrafen Otto; das neuere aber dem Grafen Otto von Indersdorf (d. i. dem Grafen Otto von Scheyern, Besizer von Indersdorf, angehören. Sie sind auch im X. Bande der Monumenta boica abgezeichnet. Das ältere Monument nun hat die Umschrift: AÑO MCXLVI. II DO, NONAS MARCI, C. OTTO PALATIN, d. WITLENSPAH. HVIVS LOCI FVNDATOR. HiC. SEPULTUS. EST. Das hier angegebene Jahr stimmt aber weder mit dem Todessjahre des Grafens Otto IV. noch mit jenem von Otto V. dem Pfalzgrafen über eins, denn ersterer ist, wie schon gemeldet wurde, vor 1128 nach Palästina gezogen, und von da nicht mehr zurück gekehrt, und lezterer ist erst 1155 gestorben und wurde im Kloster Ensdorf begraben. Es muß hier das Datum fehlerhaft seyn oder es müßte etwa der Leichnam des erstern erst einige Jahre nach Indersdorf gebracht worden seyn. Die Schirmvogte, welche in den ersten Zeiten des Klosters bestanden, waren aus dem durchlauchtigsten Wittelsbacher Hause. Späterhin kommen nur mehr Klosterrichter vor. Solche waren 1431 Hanns Asm, Sigmund Ebersbeck 1462, Konrad Mandl 1480. Am Schlusse des XVIII. Jahrhunderts gehörten zum Kloster die Ortschaften, Ottmanshart, Untermosmühl, Breitenwiesen, Adolzhofen, Daxberg, Kaplhof, Lintach, Rothschwaig und Oberkaplhof, woran aber von churfürstlicher Regierung zum Theil Anspruche gemacht wurden.391) Dem Kloster Indersdorf war inkorporirt die zur Pfarr Holenbach im dermaligen Landgerichte Aichach gehörige Wallfahrtskirche St. Leonard, und zur Pfarr Indersdorf selbst gehörten die Kirchen zu Ainhofen und Straßbach."